Teniendo en cuenta que lo normal es unir con vías a lo largo del PCB el plano de tierra de la cara de arriba con la de debajo, no sé si es muy buen criterio cobrar por el número de vías

, a no ser que vayas a hacer el PCB a mano y luego tengas que hacer las vías.
Si vas a pedir a fabricar el PCB quizás sea más adecuado cobrar por el número de pads que tienes que rutear, por horas, etc..
Como te dice planeta, en Statics puedes ver el número de compontens, conexiones, pads, vías, etc.. que tiene el PCB.