El Debug se hace por software. Comprobar señales con osciloscopio o analizador lógico, normalmente es para verificar averías. Puedes poner unos pads, en el PCB, para las señales que quieras comprobar.
Yo siempre pongo pads para las tensiones de alimentación, masa, y si hay algún puerto también. Ahora tengo un diseño que usa un puerto serie entre un Kinetis y un Raspberry, tengo pads en RX y TX, por si acaso hay que comprobar algo.