Hola, ya que no comprendes muy bien el C, te comento literalmente cómo sería la lógica del programa.
En tu caso, al tratarse de baja fcia. la forma óptima de tener precisión en la lectura es tomar el período de la fcia.
Entonces, cuándo ocurre el cbio. de nivel lógico en el pin de entrada (señal del caudalimetro) detectado por interrupción, ahí debes accionar el TMR, y esperar el próximo cbio. de nivel en dicho pin. Luego de ésto tomas lectura del TMR.
Pero haciendo ésto debes tener el sig. cuidado de que no desborde el TMR.
Para lograr ésto debes por interrupción detectar el desborde del mismo, accionando alguna bandera en tu programa indicando ese evento o anulando el período en curso.