No te entiendo bien, porque el procedimiento es el mismo que con PICs.
Si conocés la dirección de la variable la asignás directamente en la Watch Window, pero si no, que es lo mas común, vas a la ventana de variables y (botón derecho) la agregás a la WW.
El "inconveniente" de generar un programa con el IDE Arduino y debuggear con Proteus es a la hora de poner breakpoints y ejecutar paso a paso. Se debe a que optimiza con la opción de compilación -flto , que anda muy bien pero vuelve loco a Proteus.
Fijate en la imagen que subí, en ese setup() no vas a poder poner breakpoints.
También con otras optimizaciones pasa, pero es -flto la que mas molesta.