Hola PabloFiscella, como el PCW no es mi fuerte, solo programo en .ASM, estor sujeto a equivocarme, si es así pido que me corrijan.
Según interpreto con #int_RTCC seteas alguna interrupción y con setup_comparator(), lo que haces es configurar el comparador, mientras no toques esta ultima sentencia no lo debes activar.
Te comento que el modulo CCP solo puede realizar una función a la ves (comparador, capturador o PWM) o sea que si ya lo estas utilizando para el PWM y este anda de forma correcta el comparador no esta funcionando.
Como ya dije si me equivoco espero la corrección.
Atte. CARLOS