Hola, yo tuve un problema similar y la culpa era que tenia el fuse de programación a bajo voltaje activo, y por lo que se ve en alguna ocasión (seguramente por alguna fluctuación en el voltaje) el pic entraba en modo programación y se me borraba. Mi solución fue desactivar dicho fuse y ya no volvio a borrarse más.
Un saludo.