En tu caso podrias hacer lo siguiente:
Por ejemplo, si T esta expresado en microsegundos (aunque en mili es la misma tecnica) haces: 1000000 uS - T tantas veces como sea necesario hasta que haya un desbordamiento, en un registro guardas la cantidad de veces que se hizo la resta hasta el desborde.
Espero que te sirva, la resta en 16 bit es bastante simple, pero la forma de implementarla puede variar de acuerdo a la familia de pic que estes usando
