Yo no se mucho sobre la seguridad que proporciona el bootloader respecto al programa. Pero por su comodidad y rapidez, está claro que el bootloader se afianza como un metodo de descarga para la fase de desarrollo-depuracion, frente a pinchar-sacar el PIC del programador (algo que al final acaba con nuestro querido PIC).
Yo la programacion ICSP o las restantes (las de pinchar el micro en el programador) las reservaria para aplicaciones finales; aplicaciones que ya hayan sido depuradas completamente y esten listas para el uso,pues hay que evitar el deterioro que sufren al pasar por el programador (y los zocalos ZIF estan por las nubes...).
saludos