Es muy extraño lo que te ocurre , me recuerda algo parecido cuando me estaba fallando un disco duro , ya no recuerdo bien pero batalle un poco.
Revisa la configuración de Eagle para los backups , o vuelve a instalar y desde un inicio instala como administrador, revisa que el antivirus no te vaya a tomar la extension SCH, solo son ideas.
Saludos , espero lo resuelvas pronto.