Hola, primero que nada bienvenido al foro!
Creo que no tendrías que sincronizar nada, simplemente medir con el pic la frecuencia que esta envía el 555. Para eso lo que podes hacer es medir el tiempo entre dos flancos ascendentes o descendentes, si queres hacer algo mejor deberías ir promediando las ultimas 10 mediciones para obtener una valor mas certero.
El pic tiene una propia señal e clock que es para su funcionamiento, pero eso no te interesa mas que para los calculos del tiempo, vos al medir los el tiempo entre los flancos de tu señal, en realidad vas a medir tantos ciclos de programa en tu pic, segun la frecuencia de clock del pic vas a poder calcular la frecuencia de la señal que estas midiendo y con eso la humedad, supongo que tenes una tabla con la humedad según cada frecuencia rango de frecuncia.
Saludos