Hola,
Si obviamente las masas tienen que están unidas, sino de donde saca la referencia la parte de potencia para disparar los mosfet, no funcionaria, la gracia esta en hacer un buen diseño, por lo general hilando mas fino que esa placa, las masas de potencia y de lógica deberían estar unidas en un unico punto, por este tema de los ruidos.
Respecto a lo de los mosfet, la particularidad de los mosfet que tienen la letra L como el que uso yo el IRLZ24N es que disparan con lógica, o sea con una tensión de 5v en el gate te garantiza que dispara el mosfet, por eso uso eso ya que en el driver no tengo ninguna etapa pre fosmet para elevar la tensión, todo por una cuestión de simplicidad.
En los IRF la tensión de disparo Vgs anda en el orden de los 12 a 15V, con eso el mosfet dispara correctamente, con 5V como trabaja este driver funciona pero no es lo adecuado, tal vez joda a altas rpm o le cueste un poco mas hacer el choping. E probado el IRFZ44n como usan en la C4 y funciona, podrias poner eso, ahora el IRF640 no lo e probado, sera cuestión de hacerlo a ver como va.
Saludos