Tuve un problema similar, que no he vuelto a experimentar para ver si se repite, pero me parece que cuando grabas el codigo protegido, luego te trae algunos problemas para reprogramar.-
Para recuperar el micro, lo que hice es grabarlo todo en blanco (3FF), por mas que desde el grabador le ordene blanquearlo, programalo con un archivo en blanco y luego con el archivo que te interesa.-
La otra causa puede ser que realmente si este grabado el codigo y el soft del programador ,luego de grabado lo testee para ver la concordancia de datos, que si esta protegido, no lo podra hacer y te dara error.
Informa que te puede haber pasado
jorge