Lechugo...
En primer lugar , bienvenido al apartado de robótica...
En segundo, lo de la fresadora 3D no cerró, y falta aún mucho por hacer...
Si lees con detenimiento todos post del tema de la fresadora 3D con motores PaP, verás que hay variados soft que se utilizan para fresadoras y otras máquinas CNC, que no se limitan a la utilización de motores paso a paso...
Estos soft, interpretan los archivos Gerber , gráficos vectoriales o inclusi imagenes de diversos formatos... en el caso de tu problema con el gerber, éstos softs, te permitirían tomar los datos invertidos y eliminar la parte correcta del impreso.
Si estudias el tratamiento de los puertos en alguno de los softs, verás que no es tan complicado utilizar motores DC, con la salvedad que por una cuestión de presición , seguramente lo indicado sería utilizar encoders ópticos.... pero tranquilamente puedes usar las señales de paso y dirección , interpretadas en el PIC para activar el motor de DC (ésto con puerto paralelo, en el caso del puerto serie, habría que estudiar un poco mas).-
Si lo que quieres es modificar manualmente el código gerber, creo que mejor que editar el código, es abrirlo en el Eagle... poner la imagen en invertido y volver a compilar como gerber... aunque no lo he probado nunca, supongo que se generará un código equivalente a grabar soble los espacios entre pistas.
Te comento que Los soft anteriormente mencionados (algunos) generan el gerber sobre archivos de ´graficos vectoriales o imágenes, grabando solo ina línea en el límite de laspistas, evitando grabar la totalidad de los espacios, sin la necesidad de degastar la fresa innesesariamente.
Espero que éste comentario te sea de utilidad...
Un abrazo...
marmatar