Hola amigo!
Lamentablemente, no podes aislar galvanicamente la bateria de tu circuito en CC usando un transformador.
Justamente, el transformador funciona gracias que al variar la corriente del primario (Corriente Alterna) se genera un campo magnetico variable que induce una corriente en el secundario, tambien alterna, con la misma frecuencia que la del primario.
Si conectas CC al primario de un trafo, desde el punto de vista magnetico vas a tener una subida de 0 al maximo en un tiempo muy corto, que dependera de las caracteristicas del bobinado (unos milisegundos....quizas menos). Una vez alcanzada la tension de alimentacion, no hay mas variacion de la corriente, por lo tanto tampoco del campo magnetico, por lo tanto....ya no vas a medir nada en el secundario.
Ademas...en CC, el arrollamiento del bobinado del trafo se comporta casi como un cortocircuito, por lo que no es muy buena idea conectarlo a una bateria.
Hay una solucion, algo complicada, pero viable: Construir un oscilador con un par de mosfets para generar CA a partir de la CC de la bateria, pasar por el trafo 1:1 (o 1:x), volver a rectificarla, y listo. Tendrias aislacion entre el circuito y la bateria, con la ventaja adicional de que segun sea la relacion del trafo podes tener tensiones distintas a 12V.
Espero que todo este divague te haya aclarado algo...
Saludos.