Hola Modulay, lo de la referencia de tensión te evita tener que usar una fuente simétrica para el OA, como puedes ver en tu simulación tienes el pin 3 a masa, por lo tanto significa que la tensión del oscilador nunca estará (en teoría por debajo de la tensión de dicho pin y por consiguiente no podrías tener la señal a la salida.
Es normal que al aplicarle una tensión de ferencia el ancho del pulso de la salida se vea disminuido, ya que a la entrada tienes una señal que no es perfectamente cuadrada.

Miremos el ejemplo:
Supongamos que el pin 2 tiene una referencia de 0.4V, por lo tanto cuando el oscilador este a cero, el pin 6 estara en bajo, cuando la señal del oscilador comience a elevarse (acordate que no es cuadrada, si no tipo rampa) la tensión en al pin 3 también lo hará pero será levemente inferior a la de salida del oscilador por causa del divisor resistivo, cuando la tensión del pin 3 supere la del pin 2 la salida pasará a alto, por lo tanto circulará una pequeña corriente por la resistencia de realimentación que producirá que la tensión del pin 3 se incremente abruptamente siendo ahora levemente superior a la de salida del oscilador, de esta forma se limita enormemente el tiempo que las tensiones de ambos pines (2 y 3) permanecen parecidas, por consiguiente tambien las probabilidades de falla, al bajar el proceso es el mismo pero invertido.
Por lo que puedes ver cuando las tensiones de los pines 2 y 3 son muy próximas la resistencia de realimentación lo que hace es "sacar" de las proximidades ambas tensiones para evitar auto oscilaciones a la salida.
A este circuito se lo llama comparador con histerisis y funciona muy bien, pero ojo es un comparador no un amplificador, los amplificadores usan realimentación al pin negativo caso contrario se vuelven muy inestable y con tendencias a auto-oscilar.
De la relación entre ambas resistencias se crea el factor de histerisis, pero siempre la resistencia de realimentación es muy superior en valor a la de entrada.
Un saludo.
Atte. CARLOS.