Es por que microchip hizo algo grande xD, y no nos dejo sujeto a pines especificos xD. Existe lo que son los pines remappeables.. o sea vos elegis de los 25 creo pines RPn , en cual queres la entrada T2CK
RPINR3: PERIPHERAL PIN SELECT INPUT REGISTER 3
En ese registro aputnas a que pin lo queres. y a tener en cuenta:
For input mapping only, the Peripheral Pin Select (PPS) functionality does not have priority over the TRISx settings. Therefore, when configuring the RPn pin for input, the corresponding bit in the TRISx register must also be configured for input (i.e., set to ‘1’).
Entonces por ejemplo vos hiciste mal un caminito en la placa y cambias directamente un registro en el PIC, o si te quedan cruzados los caminos y complejos lo arreglas por software.
No llegue a probar con entradas externas, lo hice en ASM pero solo para ver funcionar a los TIMER1 y TMR2/TMR3 con el oscilador interno y interrupciones de overflow.