Hola soymoe, los autos son complicados, el mayor problema que encontrarás se producirá durante el arranque del mismo, y sobre todos si son "gasoleros" o diesel.
Durante el encendido del motor o sea cuando el motor de arranque está activo, se produce un "bajón" de tensión muy importante, aparte de las espúreas que esto produce, por lo tanto y tratando de mitigar este problema, yo te recomendaría que uses un diodo en directa en la entrada de la alimentación y unos condensadores bien gordos para el filtrado de todo el circuito, y si es posible hacer que el micro tenga su propia fuente regulada, con esto intentarás que el micro no "vea" ese bajón y si logras esto ya tienes un buen filtrado de la alimentación.
Por otro lado, en motores nafteros tendrás el problema de las interferencias producidas por el sistema de ignición del propio auto (o autos aledaños), esto puedes intentar suprimirlo montando la placa controladora, o sea donde se encuentra el micro, dentro de un buen gabinete metálico (si es de hierro mejor todavía así filtraras campos magnéticos) y conectando este gabinete a la masa del propio auto.
Demás está decir que es muy recomendable también realizar un buen filtrado de las señales y cables que entran y salen de este gabinete, ya que estas interferencias pueden entrar por dichos cables.
A nivel diseño de PCB's, solo las recomendaciones normales, buenos planos de masas, fuente los más lejos posible del micro, pistas lo más cortas posibles, condensadores de "desacoplo" adecuados, etc.
Espero te sea de ayuda, por más dudas solo consultarlo.
Un saludo.
Atte. CARLOS.