Hola, a ver si puedo explicar la diferencia.
Java es un leguanje de programacion orientados a objectos y muchas cosas mas, que corre en una maquina virtual ( JVM ), es decir el texto que escribis es traducido a binario java y luego ejecutado en la maquina virtual, por esta razon es tan portable, ejemplo tenes una maquina con SO Solaris, creas tu maquina virtual JAVA y ya ta tu aplicación en JAVA corre !. Bueno demas esta decir que de la teoria a la practica hay mucho trecho, pero esa es la idea.
El JavaScript, es un simple interprete, que viene con Windows desde el Win98 y que te permite correr script hechos tanto en un lenguaje parecido al Java ( por eso JavaScript ) o Visual Basic script. La idea de implementar estos script, es reemplazar a la basura de los BAT de DOS para ciertas taread, por algo mucho mas sofisticado como en Unix existe el C-Shell. Es uno de los pocos productos de microfosot que relamente me gustaron.
Espero te sirva !