Estas son las capturas:
Aquí vemos como he unido las dos resistencias SMD con un signal:

Aquí podemos ver como quedan seleccionadas las "patas" de las resistencia SMD unidas a través del Signal, confirmando que están conectadas:

Finalmente aquí vemos como quedan unidas a través de un wire. Como podéis ver sólo se marca el Wire pero no las "patas" de la SMD.

Ahora lo mismo con una via. Podéis ver como tampoco se me selecciona la parte de la resistencia:

Y por último otra prueba obligando al autoroute a crear una via:

Vemos como con el autoroute todo queda seleccionado:

Entonces la pregunta es: si quiero pasar del autoroute y hacer mi diseño a mano, cómo narices junto la smd con la via para cambiar de capa?? Me tiene loco!!