Hola nocturno, mira no tengo el Altium designer, yo sigo con el DXP, pero tal vez la forma en que yo lo hago te sirva para descubrir como se hace en el designer. En DXP, en las propiedades de cada una de las vias hay un recuadro que contiene toda las opciones para la mascara de soldadura y que se llama Solder Mask Expansions, aqui tienes unas checkbox que dicen "Force complete tenting on top" y "Force complete tenting on bottom" que al marcarlas te permiten cubrir con la mascara de soldadura el pad de las vias en el layer superior o inferior respectivamente. Tambien puedes definir dentro de este recuadro si quieres que no este cubierta toda la via por la mascara de soldadura entre otras opciones. Recuerda configurar estos pads de las vias para que no sean testpoint, porque en el DXP te los deja descubierto (Porque se supone que debes medir en ellos). Es lo puedes hacer en forma individual o si quieres hacerlos todos juntos puedes definirlos con el inspector o bien a traves de Reglas (No se si el designer seguira teniendo esas Rules). Espero que te hallan sido utiles mis comentarios.
Un saludo desde Argentina.