Hola pues mira no das mucha información respecto a cual es específicamente tu problema.
Que protocolo de comunicación vas a manejar spi, i2c, serial, paralelo,
Tu estas programando los dos microcontroladores, de no ser el caso que información tienes con respecto a el bus de comunicación del microcontrolador que no tienes acceso a la fuente.
Que lenguaje de programación utilizas.
Como ves hay que ser más detallado mientras más detallado expongas tu consulta seguro abra alguien dispuesto a ayudar