Lo que pasa es que, en clearence 0,2mm, te van a entrar más rutas que a un tamaño mayor del clearence. Es ovbio, que no te van a quedar igual.
Yo eh tenido una experiencia un poco rara con el altium. Había una placa que con un clearence de 0,6mm, me lo ruteó mejor que a 0,4mm.
Graba el proyecto, modifica el clarence y prueba con el autoruteo. Talvez te haga un mejor ruteo.