Parece que puede ser un bug la cosa, ya que el problema viene debido a la modificación de componentes. Probé crear un nuevo esquemático, le agrego algún componente, al cual le cambio el valor (p.e. BC547 a BC548), lo guardo y allí se arma la podrida, no se habré más el archivo. Lo mismo sucede con las librerías, probé de modificar alguna y luego queda corrupta.
De momento seguiré con la 4.16r2 que va OK, mientras encuentro alguna solución.
Saludos a todos.