Hola samshiel_pic.
Mira, el problema con utilizar directamente el output final que trae altium es que debes configurar las capas cada vez que imprimes algo. Lo mejor es que te hagas un output job para tu proyecto, desde el menú File\New\ Output Job File y ahi en ese archivo puedes configurar tus impresiones y dejarlas guardadas, inclusive es muy útil si tambien tienes que imprimir otros archivos de fabricacion o armado de la placa. Bueno, es solo un consejo.
Saludos.