Hola
La solución a ese problema es jugar con la netlist, y no actualizar... paso a explicar tengo el schematic para el pcb1, abro el layout y edito el circuito, cuando quiero hacer otra versión sobre el schematic (lo renombro) y edito lo que quiero cambiar, si lo que quiero cambiar solo es un tipo de conector solo edito el layout y tambien le cambio el nombre, asi consigo tener varias versiones para una misma placa por ejemplo, solo que cuando abrimos el layout NO hay que actualizar la netlist cuando nos pregunta!