Hola ale_nevermind,
Entiendo tu problema, estás a punto de hacer tu defensa de proyecto de grado, que bueno. De que se trata?
Mira lo único que te puedo recomendar para realizar todo tipo de diagramas es el Microsoft Visio, es un software buenísimo para diagramas de flujo, de bloques y varias cosas más que tu las verás cuando veas el programa.
Te recomiendo que todas tus ideas las desgloses en bloques y las juntes con flechas de dirección para observar quizá un flujo de datos o flujo de procesos, y de eso ya podrás hacer describir cada bloque. Tendrás tu diagrama de bloques de todo o parte de tu sistema para entender las ideas generales, seguramente las imágenes y fotos son las más necesarias y maquilladoras también, bien dicen que una imagen vale más que mil palabras.
Otro software que te recomiendo, aunque no lo he usado todavía, pero he visto que han hecho cosas impresionantes es el google sketchup, seguro que te dará más de una impresión cunado lo veas.
Por último recomendarte lo mismo que MGLSOFT, que en tu exposición trates de impresionarlos, de "venderles" tu producto a tu jurado, muéstrales lo bonito, lo lindo, lo novedoso, lo impactante, en pocas palabras lo mejor de tu proyecto, no les expliques de tu a tu un protocolo de comunicaciones o detalles de un microcontrolador por ejemplo u otras cosas teorícas. Acuérdate que al púbico que asiste también le debe gustar y es mejor no aburrirlos con mucha teoría, que en el momento de la defensa pública no es necesaria, esa tu ya la sabes y la usarás para responder a las preguntas de tu jurado.
Bien espero que tengas buenos resultados y pronto tengas todo listo.
saludos.