Amigo MLO, efectivamente las conexiones las hice con wire, entonces las he borrado y las he hecho con net, y al pasarlo a pcb solamente habia conectadas dos, he vuelto al schematic y tanto en los pines del integrado como como los del conector las he hecho con el comando net y ademas les he puesto el punto verde de conexión.
Es posible que mi fallo fuera que cuando hacia la linea de conexión (con wire) no terminaba en la punta del pin, sino que metia la linea un poco mas adentro, de todas formas ya esta solucionado el tema, doy las gracias a todos por el interes, sobre todo a MLO, saludos para todos.
P.D. He hecho una recopilación que pienso poner en el foro de algo mas de 60 trucos de todo tipo sacados del foro y de algun otro foro (espero que nadie se enfade por publicar sus trucos), pero para los que estamos empezando a manejar el Eagle creo que nos puede servir de gran ayuda, tambien pondre un manual (basico) para hacer el schematico y placa , tambien un manual del programa y manejo del mismo para convertir las placas en 3D, (estoy recomponiendo todo).