Ahhhhhhhhhh, manolo, tu no te refieres a las nets sino a las lineas de From-To's como las denomina Altium. En realidad los From-To's no son mas que una clase que contiene las lineas que unen las nets no conectadas.
Las from-to's las puedes editar desde el mismisimo menu PCB, seleccionando "From-to editor" en la caja de selección que se encuentra en la parte superior del menu PCB, la cual contiene otras opciones como Nets, components, rules.
A veces las from-to's se desconfiguran o se borrar y no aparecen, aunque tambien puede ser un problema de nets mal declaradas.
En este menu "From-to editor" puedes ver que nets tienen generadas las lineas y puedes generarlas caso contrario. Mucho cuidado, al entrar a este menu desaparecen todas las lineas para permitir la edición. Para ver los resultados deberás salir del editor de From-to's, llendo al menu de nets o de componentes o cualquier otro.
Si no puedes corregir el problema mediante el editor (cosa que puede pasar) hay que rastrear el problema hasta el esquematico, puede que halla algun conflicto en la net en el esquematico.
Altium es muy bueno hasta que uno tiene un problema y necesita revolver mitad programa para solucionarlo.

Saludos.