Al fin y al cabo la tensión en un punto es positiva o negativa en relación a otro punto, nunca es positiva o negativa de manera absoluta. Por tanto, si el valor negativo de tu fuente lo unes a la masa de tu circuito, y con el positivo lo alimentas, medirás tensiones con respecto al negativo de la fuente, o lo que es igual, respecto a masa.
Poniendo un ejemplo extremo, imagina que tu fuente tiene tres puntos de conexión: +5V, 0 y -5V.
Perfectamente podrías alimentar tu circuito poniendo -5V a masa y usando 0V en la alimentación. Como la diferencia entre uno y otro punto es de 5V y el más negativo es la masa, el circuito funcionará y tu polímetro medirá +5V respecto a la masa.