Claro que se puede hacer lo que tu comenta, pero yo conozco solo un programa que puede hacer eso, AVRStudio4, pero te aconsejo ante de protegerlo probar todas sus funciones, claro si activa la Funcion no Erase no va a poder programar despues, aunque creo que con truco se podria, pero hasta ahi no tengo experiencia.
Te recomiendo que busque un tutorial sobre AVRStudio4 y lea los detalles , este programa es totalmente gratis.