El problema de control que tienes a altas velocidades puede que esté relacionado con la resistencia del motor y la tensión máxima de alimentación.
Deberías poner un led que se encienda cuando el ciclo PWM llege al límite máximo para comprobarlo.
Si quieres que el motor funcione a 25000rpm, la tensión back-emf (Eg) deberá ser de unos 21.4 voltios la corriente de alimentación sin carga será de unos 50 mA y la tensión de alimentación del motor (Vm) será:
Vm = Eg + Rm·I = 21.4 + 15 · 0.050 = 22.2 v

Si ahora el motor pasa a tener carga nominal, la corriente aumentará a 0.7 Amperios:
Vm = Eg + Rm · I = 21.4 + 15 · 0.7 = 31.9 v
Como la tensión máxima de alimentación es de 30 voltios, el motor no se puede mantener a 25000 rpm con carga nominal y bajará su velocidad.
Saludos.