Hola, vamos por partes. Sería bueno que especifiques a que linea de microncontroladores esta dirigida la pregunta, ya que FreeScale tiene varias lineas de procesadores desde 8 hasta 64 bits.
Con respecto al tema de fuses, y hablando de las linea S08 ( que es la que mas conozco ) si los tiene, pero FreeScale los llama Nonvolatile Flash Registers, normalmente ubicados en los address más altos del mapa de memoria, ejemplos de estos registros son NVPROT, NVOPT, etc
El CodeWarrior es solo un compilador, para saber que tiene o que no tiene es necesario leer y estudiar el data sheet del micro en particular.
Con respecto a las diferencias de clock, me parece que es puro marketing, en la linea S08, la CPU puede correr como máximo a 20 Mhz ( ciclo de instrucción 50 ns ) solo los que traen USB son un poco más rápidos.
Saludos !