Hola Bregy,
me alegro que te decida en programar con los micros Atmel,yo solo uso BascomAVR, te recomiendo el USBasp pero con windowXP, Windows7 va pero a veces da algo de problema, aunque no he tenido tiempo de saber si se resolvio el problema,pero con WindowsXP va muy bien.
pues bien , los Fuses se programan para usar sus periferico que vaya a usar en tus codigo, no obstante si usa el USBasp te recomiendo no cambiar en los Fuses, el RESET y SPI ya que si lo cambia no podra programar tu micro con el USBasp, por eso uso el STK500 de Atmel. tener muchas atencion con eso dos puntos(RESET y SPI).
los micro Atmel puede programarlo con Oscilador interno o externos.
los pines MISO,MOSI.SCK y RESET es los que se llama SPI y es donde se conecta el programador para programar el micro, en este caso un dato HEX, todos micros Atmel llevan un SPI para programarlo. y para que salga de muchas dudas te aconsejo que lea al principio de este Subforo donde estan los Atmel, no importa que no sea BascomAVR pero asi te sacara de dudas muchas cosas que te toca aprender.
Saludos