Que tal Sandra.
Pues mira yo he utilizado protocolos de IrDA (solo el nivel físico) para realizar comunicaciones bidireccionales entre microcontroladores con baud rates de hasta 115200 bps en una distancia de 20 cm. Aunque es posible lograrlo hasta 1 m con el transceiver directamente y mas agragando mas IRleds, para incrementar la potencia de hasta 5 metros.
Otra forma de hacerlo es haciendo los transceiver con diodos infrarojos y diodos detectores (diodo PIN) o fototransistores. Y codificando los datos en manchester.
Otra forma es utilizar el protocolo RC5 de phillips y aquí en el foro anda un manual que explica muy bien el funcionamiento de este protocolo.
No sé exactamente lo que necesitas, pero si la distancia que requieres de enlace y comunicación es hasta de 1 metro, te recomiendo usar IrDA, ya que con este podrás lograr hasta 115200bps y es muy simple de usar.
Lo que necesitas es que ambos microcontroladores contengan un UART de hardware o bien emulado por software, el encoder-decoder MCP2120 de microchip, este convertirá los datos entrantes y salientes en codificación manchester y tiempos requeridos por IrDA. También requerirás del transceiver óptico, que puede ser un GP2W0004YP de sharp.
Bueno, espero te sea de utilidad esta información, pero si necesitas algo mas, mandame un privado y con gusto lo vemos.