Saludos,
Actualmente tengo instalado el eagle en D:\EAGLE-6.5.0\ para no tener problema con los paths, y a la hora de generar los archivos pov se guarda en la misma carpeta.
Te recomiendo que instales el eagle en la raiz del C: o del D: por que algunas veces tienes problemas de permisos, y el uac siempre esta molestando en dar permiso para que haga x cosa.
Debes configurar tu povray.ini para que le indique a pov donde se encuentra las imagenes, y modelos que va a generar, en mi caso.
Library_Path="D:\EAGLE-6.5.0\eagle3d\povray"
Library_Path="D:\EAGLE-6.5.0\eagle3d\ulp"
Library_Path="D:\EAGLE-6.5.0\eagle3d\imgpov"