Parece ser que el CTMU utiliza el S/H del ADC y por lo que lei no es que se seleccione un canal para el mismo.
Deberia poder utilizarse ambos (Si no, no tendria sentido tener un ADC solo para eso creo yo

), pero para usar el ADC deberias desactivar el CTMU asi usarlo como un ADC normal. Cuando necesites del CTMU lo activas nuevamente.
¿La medición del condensador es razonablemente "estable" o tiene mucha imprecisión?
Estable/Preciso: Imagino que si, o podrias tomar un promedio de X muestras, asi tomas un valor medio de esa dispersion que conseguiste. si tu idea es de tomar el valor en el tiempo deberias tener tiempo de sobra para hacerlo creo.
Exacto: Hay que calibrar el CTMU en los datasheet dicen como hacerlo ( con una resistencia de precision ), para el ADC usar una tension de referencia seria lo ideal creo. Y respetar los tiempos de conversion.