También hay que tener en cuenta que una cosa es el protocolo físico y otra el lógico y no tienen por qué ser iguales.
Si quieres puedes implementar un protocolo con cableado SPI a varios Mbaudios, con drivers físicos RS485, sobre cable ethernet RJ45, con protocolo lógico CAN.
Las combinaciones son infinitas. Depende de la aplicación.
Una buena combinación podría ser RS232 (UART) (sencillo, rápido, muy extendido) con algún driver físico CAN que haga las comunicaciones más inmunes al ruido y el cableado que tu quieras (puedes llegar a trenzar el hilo de datos con un hilo de masa).
Las líneas Tx y Rx van sobre un mismo hilo, por lo que tienes que definir tú mismo el protocolo, por ejemplo el RS485.
Un saludo.