Los gerbers, los que yo he usado para enviar a fabricar pcbs son un archivo por layer. Por ejemplo en una pcb de 2 caras tendriamos estos archivos:
GKO = gerber keepout o bien el corte de la placa, se utiliza para delimitar la placa
------
GBL = gerber bottom layer todos el circuito (pads, vias...)
GBO = gerber bottom overlay o bien la serigrafia
GBS = gerber bottom solder mask es el corte de la mascara de soldadura
GBP = gerber bottom paste mask se utiliza para hacer los stencils
-------
GTL = gerber top layer
GTO
GTS
GTP
igual todo pero de la capa TOP
-----
Tambien esta la informacion de los agujeros, yo utilizo el export de NC Drills, simplemente indica a la maquina la localizacion de cada agujero, se pone en un archivo .txt, tiene un formato de texto.
Espero que con esto te resuelva tu duda, pero resumiendo, cada archivo ocupa una capa la cual se divide en: serigrafia, top/bottom, corte, mascara soldadura y stencil (paste), tanto el top como bottom tiene su serigrafia independiente una de otra, al igual que mascara soldadura, paste....