Bueno, al fin solucionado. Usando un H11L1 (optoacoplador con salida trigger-smith), con la entrada al "pickup" del estator y la salida con pull-up a 3.3V va "fetén". Bueno entre el pickup y el diodo del opto, en serie, una resistencia limitadora (2K2) y un 1n4007 para eliminar los pulsos negativos. Sale una señal super limpita con pulsos casi perfectos. El único "pero" que le veo es que en los pulsos negativos del pickup no puedo evitar que caiga algo del voltaje (4V) en el diodo del opto, aunque supongo que no degradará el IC ya que el 1n4007 sólo debe dejar pasar la corriente de fuga en inversa.
En principio debería funcionar igual con un cable arrollado al cable, valga la redundancia, que va del CDI a la bobina de alta... pero se me ha olvidado probarlo.
Espero que a alguien más le sea útil.