Ok ya lo tengo,
Te vas al PolygonConnect, creas una nueva rule y le das mayor prioridad. En el query del primer objeto pones All y en el query del segundo objeto:
IsVia And (AsMM(ViaSize) = 0.71)
Si tienes todas las vias, por ejemplo, de 0.3/0.7 pues a las que quieras que tengan thermal relief les pones un poco más o menos de diametro (yo puse 0.71). Si todas las vias son exactamente iguales "creo" que no se puede hacer. Yo he cambiado el diámetro pero sería igual si cambia el hole y utilizas ViaHole o HoleSize (o el operador que sea, no lo sé de memoria) en vez de ViaSize.
Saludos!