Que va.. el problema es que tenía pistas trazadas por las 4 capas (simulando tal y como tengo ruteada la PCB grande). Me da continuidad por todos los 3V3, GND y algunas señales. Por eso no se dónde está el corto y dónde no.
El objeto de un pcb de 4 capas no es tener pistas por las 4 caras y que sea más fácil rutearlo, si no tener dos planos de referencia pegados a las pistas (estas pistas en la cara superior e inferior por ejemplo).
Si tienes pistas por las 4 caras, las caras 1-2 y 3-4 están separadas 0.2 mm aproximadamente (depende del fabricante), por lo que si tiras pistas en paralelo una encima de la otra el acoplamiento capacitivo con separaciones de 0.2 mm será bastante alto, por lo que es fácil tener problemas de ruidos, crosstalk, etc..
En función del tipo de circuito que tengas, rutear un pcb no consiste en unir los puntos, hay muchas consideraciones eléctricas que hay que hacer si no quiere tener problemas posteriormente o no pasar certificaciones en el caso que tengas que pasarlas.
Si estás haciendo un pcb para ti bien, pero si es algo de trabajo es conveniente que te documentes sobre diseño de pcbs (si no lo has hecho), te digo esto porque mandar un pcb sin pasar las reglas de diseño para comprobar que están bien da a entender que estás empezando con ello.
En este hilo que empezó planeta (no nos contastes cómo termino las certificaciones planeta
)sobre como reducir un pcb de 4 layers ponía un ejemplo de un pcb mio:
http://www.todopic.com.ar/foros/index.php?topic=48743.msg405092#msg405092 con 4 layers, no lo tomes al pie de la letra porque yo tampoco soy experto en esto, pero si no lo has visto para que veas un stack up de 4 layers.