¿ Y exactamente donde está el problema ?, lo que se ve en tus capturas, es que al activar el plano de tierra, todos los pads que tenían pistas a masa, quedan conectadas al plano de tierra (con thermals). No se ve nada incorrecto, a simple vista.
Desde la versión 9 de Eagle, tienes un asistente, muy bueno, para el ruteo manual, yo no usaría el Autorouter. En su tiempo fuí muy aficionado al Autorouter, hasta que empecé a tener problemas en algunos diseños que no funcionaban bien, fué rutear a mano y todo perfecto.
Lo último que aún le dejaba al Autorouter era la alimentación de 3.3v de los micros, ahora ya ni eso. Uso el asistente de ruteo manual, y me va muy bien, es rápido, cómodo y todo queda bien ruteado, con pistas cortas y directas.