Si debe de poderse. El ULP que va con el software para sacar el BOM, no lo contempla, pero tienes un ULP que genera archivos para Pick and Place, y en este si que te separa los componentes por caras.
Puedes editar el ULP mountsmd.ulp, ver como separan los componentes por cara y modificar el ULP bom.ulp para que haga lo mismo.
O conformarte con lo que genera el moundsmd.ulp y modificar a mano los ficheros generados. Lo único es que no tendrás los componentes agrupados y contabilizados por valor que es lo ideal, para eso la primera solución, editar el fuente de los dos ULP y aplicar la selección por caras de los componentes. Es un lenguaje tipo script, tiene que ser sencillo.