Si son exactamente iguales las baterías, compradas en la misma fecha, y en el momento de ponerlas en paralelo tienen un voltaje lo más igualado posible, ahí ya no tendrías problemas en ponerlas en paralelo.
Por otro lado tienes el tema del TP4056, si no recuerdo mal daba como carga máxima 1amperio imagino que cargando a esa intensidad se calentará algo, si pones dos baterías en paralelo cargara con más intensidad porque disminuyes la resistencia interna de la batería, si no estaba cargando ya en su límite de 1amperio quizá se aproxime mas haciendo esto, así que imagino que el problema vendrá por ahí… por que poner dos en paralelo es como si en vez de ponerle una batería de 1500mah de capacidad se la pones de 3000mah.
No sé si sabes a donde quiero llegar…
Con esto solo tendrías problemas si las baterías fueran distintas o alguna se fuera “jodiendo” antes que la otra.