Que tal betobono,
Pues la idea de las memorias eeprom o flash externas son para grabar datos y poder ser leídas usando sus protocolos de acceso como sip, i2c, microwire, paralelas u otro protocolo. Fueron creadas para eso. Ahora que si lo que vas a guardar son datos sensibles que necesitan estar protegidos, entonces existen memorias que tienen encriptado tales como las que fabrica windbond. Dale una admirada a su página web.
Microchip también tiene un pequeño linecard de memorias encriptadas llamadas cryptomemory de la familia at88xxx.
Pero para responder tu pregunta, sí casi todas las memorias externas son fáciles de leer y escribir basta con usar su protocolo y bus y leer su datasheet, implementas un código y listo. Nada del otro mundo.
Elreypic