Buenas.
A la pregunta de la patilla MCLR/Vpp, no hay ningún problema de que vaya directo, siempre que la resistencia a Vcc sea del orden de 10K, ya que si es menor, se deribará más corriente al circuito y puede que pete algo o que el programador no sea capaz de generar la tension de 13 voltios.
En cuanto a la tension del programador, no entiendo muy bien tu pregunta. Si es un pogramador USB estará alimentado a 5V y el PIC también. Si el PIC está alimentado a menor tensión puede que las entradas casquen. Si es el programador el que entraga menor tension, puede que no se programe el PIC correctamente.
A la tercera, se puede programar perfectamente un PIC con las patillas PGD y PGC. La patilla PGM es para programarlo en bajo voltage, es decir, utilizar sólo 5V en lugar de 13V como tension de programacion. Si no activas el FUSE LVP, puedes ignorar la patilla PGM.