Halaaaa, no había visto esto y te he contestado en el privado. Bueno, te pego aquí la respuesta:
1) el uso de D1 me sirve para proteger la Vdd del puerto USB, dado que el conector ICSP suele dejarse enchufado en tu circuito, aún cuando este esté funcionando. De esta manera evito que entre tensión del circuito hacia el USB. Sí, efectivamente baja un poco la Vdd, pero es suficiente para que corra un PIC sin problemas.
2) no sé porqué una de 2k2 y no una de 10k, supongo que da igual. Desde luego te aseguro que así funciona bien. Al igual que antes, en D7 cae un poco la tensión, pero no importa porque el PIC funciona bien. Además, D7 es imprescindible tenerlo puesto, ya que cuando actualizo la versión del firmware, por ahí meto 13V con otro programador y no me gustaría freír el USB.