Hola, para medir muchas termocuplas, yo he usado un multiplexor analogico, el 4051.
Lo que hice fue usar 3 de estos multiplexores, lo que me da una cantidad de 24 termocuplas, a la salida de estos, coloque un circuito compensador de junta fria, y de alli a un canal analogico del pic 16f873, con una entrada analogica y unas cuantas digitales, puedes multiplexar perfectamente. La parte delicada de esto es la compensacion de junta fria. Si te interesa te paso por mail esta parte del circuito, ya que no la puedo subir...
Saludos
Alejandro