Hola amigos!!!
He estado haciendo algunas modificaciones y estoy obteniendo mejores resultados. Para empezar, puse unos capacitores mas grandes en el filtro RC a la entrada del ADC. Esto mejoro bastante la señal de entrada, al punto q pude achicar la ventana de 10 a 3 unidades

Tambien modifique un poco los parametros del filtro digital.
El problema ahora, es q no estoy midiendo el mismo valor de aceleracion en un sentido q en el otro. Esto me tiene mal, ya q no se como voy a solucionarlo... Les muestro una grafica (velocidad en funcion del tiempo) para q vean a lo q me refiero:

Como ven, cuando llevo el mouse de izquierda a derecha, la velocidad crece, luego decrece, pero no vuelve a 0, sino q queda una velocidad remanente. Luego vuelve a cero porq actua la rutina de deteccion de velocidad 0.
Y cuando llevo el mouse en sentido contrario, la velocidad pasa por cero y sigue decreciendo.. como que hay mas sensibilidad a la aceleracion en un sentido q en el otro.
Puede ser problema de calibracion, pero no creo... si no la aceleracion no daria 0 cuando esta quieto. Y de ahi saltamos a otro asunto... no se como hacer para tomar mas muestras a la hora de la calibracion para q no desborde la variable donde almaceno las muestras.
Bueno, espero sus consejos. Saludos!!!