Hola muchachos, son buenos los metodos para fresar que comenta el amigo cchhaa. Yo uso algunas tecnicas similares con distintos elementos.
Manolo, la fresa que uso para PCB es una de 10º y es la de la imagen siguiente:


La fresa anda muy bien, pero mi CNC no tiene extrema precision como para fresar PCB aunque todos los que frese con esta herramienta y cuando configure bien el "isolate" en Eagle todos los PCB quedaron 100% funcionales.
Para perforar obviamente una broca del tamaño adecuado al agujero que se vaya a hacer, en su defecto y en el caso de que no tengamos ese diamentro de broca especifico podemos ahcer un barrido lateral con una fresa como la de la imagen, se las consigue (al menos por aca hasta de 1mm):

La fresa de la imagen es de 6mm, plana de 4 cortes. Esa misma fresa puede cortar, obviamente mas pequeña para perder menos material, aunque son mejores las especificamente de corte lateral (no tengo foto).
Metodo para 0 Z:
Si lo que se va a fresar es un PCB, mi metodo es colocar el final de carrera del eje Z a la placa virgen a fresar y los 5V a la fresa mediante pinzas cocodrilo. De esta manera, cuando la fresa descienda hacia el PCB a una velocidad muy lenta y haga contacto con la PCB se detendra al detectar que ha llegado al final de carrera de ese eje, por lo cual ya tendremos el 0 Z ubicado.
Para hacer descender la herramienta, coloco a unos 5mm del PCB, coloco Zero Z desde el Mach3 y ejecuto desde la ventana MDI del Mach3 la siguiente linea:
G1Z-6F50
Esta linea le dice que descienda 6mm a un FeedRate de 50mm/min. Cuando detecte el "supuesto" final de carrera se detendra, y ahi es cuando colocaremos el eje Z en 0 desde el software y listo.
Para el cambio de herramientas le indico en el setup del PCB_GCODE, en el campo Tool Change coloco X=0 Y=0 Z=40 y cuando ejecuto el codigo en la maquina y pide cambiar la herramienta, uso un patron de 40mm de acero 1015 rectificado (bien podria ser alguna madera dura con las medidas que querramos) y cuando coloco la otra herramienta hago que apoye sobre el patron y luego ajusto la broca o lo que sea, retiro el patron y continuo fresando o perforando.
Otro gran detalle y quizas el mas importante de todos, la placa virgen de PCB debe sujetarse a la mesa con cinta doble faz (la que tiene pegamento en las dos caras), de lo contrario siempre quedara una pequeña curvatura que nos quitara mucha precision.
Bueno, hasta aca llegue. Espero sea de ayuda para ti y el que se le antoje fresar PCB algun dia.
Saludos!

PD: Si no se entiende bien, avisenme que coloco algun video o mas imagenes de cada procedimiento para ser un poco mas grafico y que todos entiendan este metodo casero para fresar.